Sağlık Bilimleri Enstitüsü, Yükseköğretim Kurumları Teşkilatı Kanununda ve Yükseköğretim Kurumları Öğretim Elemanlarının Kadroları Hakkında Kanun Hükmünde Kararname ile Genel Kadro ve Usulü Hakkında Kanun Hükmünde Kararnameye Ekli Cetvellerde Değişiklik Yapılmasına Dair 5662 Sayılı Kanunun 29/5/2007 tarihinde 26536 sayılı Resmî Gazete’de yayınlanması ile kurulmuştur. Lisansüstü Eğitim-Öğretim Enstitülerinin Teşkilat ve İşleyiş Yönetmeliği, Kırşehir Ahi Evran Üniversitesi Lisansüstü Eğitim-Öğretim ve Sınav Yönetmeliği ve Yüksek Öğretim Kurulunun Lisansüstü Eğitim-Öğretim Programı Açılması ve Yürütülmesine Dair Belirlediği İlkeler çerçevesinde sağlık bilimi alanında lisansüstü eğitim ve öğretimlerini düzenlemek, yürütmek ve denetlemek amacıyla 2013 yılında faaliyetlerine başlamıştır. Enstitümüze bağlı olarak;
-Şubat 2017 tarihinde Fizyoterapi ve Rehabilitasyon ile Moleküler Tıp Anabilim Dallarında Yüksek Lisans Programları, Eylül 2017 tarihinde Fizyoterapi ve Rehabilitasyon Anabilim Dalında Doktora Programı açılarak öğrenci alımına başlamıştır.
Mevcut programlara ilaveten;
-YÖK'ün 21.12.2018 tarih ve E.97593 sayılı yazısı ve YÖK Yürütme Kurulunun 12.12.2018 tarihli Kararı ile Hemşirelik Anabilim Dalı - Çocuk Sağlığı ve Hastalıkları Hemşireliği Yüksek Lisans programı açılarak, 2019-2020 eğitim-öğretim yılı güz döneminde öğrenci alımı yapılarak öğretime devam edilmektedir.
-YÖK Yürütme Kurulunun 25.03.2020 tarihli Kararı ile Enfeksiyon Hastalıkları ve Klinik Mikrobiyoloji Anabilim Dalı - Hastane Enfeksiyon Kontrolü Doktora Programı ile YÖK Yürütme Kurulunun 22.04.2020 tarihli Kararı ile Beden Eğitimi ve Spor Anabilim Dalı, Hareket ve Antrenman ile Sporda Psiko-Sosyal Alanlar Bilim Dalında Yüksek Lisans Programları açılarak, 2020-2021 eğitim-öğretim yılı güz döneminde öğrenci alımı yaparak öğretime devam edilmektedir.
-YÖK Yürütme Kurulunun 14.01.2021 tarihli Kararı ile Enstitümüz bünyesinde Anatomi Anabilim Dalı kurularak, “Anatomi Yüksek Lisans Programı” açılarak, 2021-2022 eğitim-öğretim yılı güz döneminde öğrenci alımı yaparak öğretime devam edilmektedir.
-YÖK Yürütme Kurulunun 20.04.2021 tarihli Kararı İle Enstitümüz bünyesınde Histoloji ve Embriyoloji Anabilim Dalı Başkanlığı kurulmuş olup, "Histoloji ve Embriyoloji Yüsek Lisans Programı" açılarak 2021-2022 eğitim-öğretim yılı güz döneminde öğrenci alımı yaparak öğretime devam edilmektedir.
-YÖK Yürütme Kurulunun 16.06.2021 tarihli Kararı ile Enstitümüz bünyesinde “Beden Eğitimi ve Spor Anabilim Dalında Doktora Programı” açılarak, 2021-2022 eğitim-öğretim yılı güz döneminde öğrenci alımı yaparak öğretime devam edilmektedir.
-YÖK Yürütme Kurulunun 07.07.2021 tarihli Kararı ile Enstitümüz bünyesinde Tıbbi Biyoloji Anabilim Dalı Başkanlığı kurulmuş olup “Tıbbi Biyoloji Yüksek Lisans Programı” açılarak, 2021-2022 eğitim-öğretim yılı güz döneminde öğrenci alımı yaparak öğretime devam edilmektedir.
-Hemşirelik Anabilim Dalı bünyesinde Halk Sağlığı Hemşireliği Tezli Yüksek Lisans Programı, Yükseköğretim Yürütme Kurulunun 12.01.2022 tarihli toplantısında açılması uygun görülerek, 2022-2023 eğitim - öğretim yılı Güz dönemi itibariyle öğretime başlayacaktır.
Enstitümüzün kuruluş gayesi, Üniversitemizin Tıp Fakültesi, Sağlık Bilimleri Fakültesi, Fizik Tedavi ve Rehabilitasyon Yüksekokulu ile Beden Eğitimi ve Spor Yüksekokulu öğretim üyeleri tarafından sürdürülen / sürdürülecek lisansüstü eğitim öğretimi düzenlemek, bilimsel ve teknolojik gelişmeleri izleyerek, lisansüstü çalışma ve projelere yön vermek, öğrencilerini güncel konularda ileri araştırmalara yöneltmek ve sağlık sektörünün karşılaştığı problemlerini çözmeye yönelik lisansüstü çalışmaların yapılmasını sağlamaktır. Böylece Enstitümüz, sağlık alanında problemleri çözebilen insan kaynakları yetiştirilmesine yerel ve ulusal düzeyde katkı sağlayarak büyümesine devam edilmektedir.