Sağlık Bilimleri Enstitüsü,  Yükseköğretim Kurumları Teşkilatı Kanununda ve Yükseköğretim Kurumları Öğretim Elemanlarının Kadroları Hakkında Kanun Hükmünde Kararname ile Genel Kadro ve Usulü Hakkında Kanun Hükmünde Kararnameye Ekli Cetvellerde Değişiklik Yapılmasına Dair 5662 Sayılı Kanunun 29/5/2007 tarihinde 26536 sayılı Resmî Gazete’de yayınlanması ile kurulmuştur. Lisansüstü Eğitim-Öğretim Enstitülerinin Teşkilat ve İşleyiş Yönetmeliği, Kırşehir Ahi Evran Üniversitesi Lisansüstü Eğitim-Öğretim ve Sınav Yönetmeliği ve Yüksek Öğretim Kurulunun Lisansüstü Eğitim-Öğretim Programı Açılması ve Yürütülmesine Dair Belirlediği İlkeler çerçevesinde sağlık bilimi alanında lisansüstü eğitim ve öğretimlerini düzenlemek, yürütmek ve denetlemek amacıyla 2013 yılında faaliyetlerine başlamıştır. Enstitümüze bağlı olarak;

-Şubat 2017 tarihinde Fizyoterapi ve Rehabilitasyon ile Moleküler Tıp Ana Bilim Dallarında Tezli Yüksek Lisans Programları, Eylül 2017 tarihinde Fizyoterapi ve Rehabilitasyon Ana Bilim Dalında Doktora Programı açılarak öğrenci alımına başlamıştır.

Mevcut programlara ilaveten;
-YÖK'ün 21.12.2018 tarih ve E.97593 sayılı yazısı ve YÖK Yürütme Kurulunun 12.12.2018 tarihli Kararı ile Hemşirelik Ana Bilim Dalı - Çocuk Sağlığı ve Hastalıkları Hemşireliği Tezli Yüksek Lisans Programı açılarak, 2019-2020 Eğitim-Öğretim Yılı Güz Döneminde öğrenci alımı yapılarak öğretime devam edilmektedir.

-YÖK Yürütme Kurulunun 25.03.2020 tarihli Kararı ile Enfeksiyon Hastalıkları ve Klinik Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı - Hastane Enfeksiyon Kontrolü Doktora Programı ile YÖK Yürütme Kurulunun 22.04.2020 tarihli Kararı ile Beden Eğitimi ve Spor Ana Bilim Dalı bünyesinde Hareket ve Antrenman Tezli Yüksek Lisans Programı ile Sporda Psikososyal Alanlar Tezli Yüksek Lisans Programı açılarak, 2020-2021 Eğitim-Öğretim Yılı Güz Döneminde öğrenci alımı yaparak öğretime devam edilmektedir.

-Hemşirelik Ana Bilim Dalı bünyesinde Hemşirelik Esasları Tezli Yüksek Lisans Programı, Yükseköğretim Yürütme Kurulunun 08.07.2020 tarihinde yapılan toplantısında açılması uygun görülerek, 2020-2021 Eğitim - Öğretim Yılı Güz Dönemi itibariyle öğretime başlamıştır.

-YÖK Yürütme Kurulunun 14.01.2021 tarihli Kararı ile Enstitümüz bünyesinde Anatomi Ana Bilim Dalı kurularak,  “Anatomi Tezli Yüksek Lisans Programı” açılmış, halihazırda 2021-2022 Eğitim-Öğretim Yılı Güz Döneminde öğrenci alımı yapılarak öğretime devam edilmektedir.

-YÖK Yürütme Kurulunun 20.04.2021 tarihli Kararı İle Enstitümüz bünyesınde Histoloji ve Embriyoloji Anabilim Dalı kurulmuş olup, "Histoloji ve Embriyoloji Tezli Yüsek Lisans Programı" açılarak 2021-2022 Eğitim-Öğretim Yılı Güz Döneminde öğrenci alımı yaparak öğretime devam edilmektedir.

-YÖK Yürütme Kurulunun 16.06.2021 tarihli Kararı ile Enstitümüz bünyesinde “Beden Eğitimi ve Spor Ana Bilim Dalında Doktora Programı” açılarak, 2021-2022 Eğitim-Öğretim Yılı Güz Döneminde öğrenci alımı yaparak öğretime devam edilmektedir.

-YÖK Yürütme Kurulunun 07.07.2021 tarihli Kararı ile Enstitümüz bünyesinde Tıbbi Biyoloji Anabilim Dalı kurulmuş olup  “Tıbbi Biyoloji Tezli Yüksek Lisans Programı” açılarak, 2021-2022 Eğitim-Öğretim Yılı Güz Döneminde öğrenci alımı yaparak öğretime devam edilmektedir.

-Hemşirelik Ana Bilim Dalı bünyesinde  Halk Sağlığı Hemşireliği Tezli Yüksek Lisans Programı, Yükseköğretim Yürütme Kurulunun 12.01.2022 tarihli toplantısında açılması uygun görülerek, 2022-2023 Eğitim - Öğretim Yılı Güz Dönemi itibariyle öğretime başlamıştır.

-YÖK Yürütme Kurulunun 17.08.2022 tarihli Kararı ile Enfeksiyon Hastalıkları ve Klinik Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı bünyesinde "Hastane Enfeksiyon Kontrolü Tezli Yüksek Lisans Programı" açılmıştır.2022-2023 Eğitim - Öğretim Yılı Bahar Dönemi itibariyle öğretime başlamıştır.

-Tıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı Tezli Yüksek Lisans Programı, Yükseköğretim Yürütme Kurulunun 02.08.2023 tarihinde yapılan toplantısında açılması uygun görülmüştür. Program, 2023-2024 Eğitim-Öğretim Yılı Bahar Dönemi itibariyle öğretime başlamıştır.

-Ebelik Ana Bilim Dalı bünyesinde "Ebelik Tezli Yüksek Lisans Programı"nın, Yükseköğretim Kurulunun 14.02.2024 tarihli toplantısında açılması uygun görülmüştür. Program, 2024-2025 Eğitim-Öğretim Yılı Güz Dönemi itibariyle öğretime başlamıştır.

-Anatomi Ana Bilim Dalı Doktora Programı, Yükseköğretim Yürütme Kurulunun 12.03.2024 tarihinde yapılan toplantısında açılması uygun görülmüştür. Program, 2024-2025 Eğitim-Öğretim Yılı Güz Dönemi itibariyle öğretime başlamıştır.

-Tıbbi Biyokimya Ana Bilim Dalı Tezli Yüksek Lisans Programı, Yükseköğretim Yürütme Kurulunun 28.08.2024 tarihinde yapılan toplantısında açılması uygun görülmüştür. Program, 2024-2025 Eğitim-Öğretim Yılı Bahar Dönemi itibariyle öğretime başlamıştır.

Enstitümüzün kuruluş gayesi, Üniversitemizin Tıp Fakültesi, Sağlık Bilimleri Fakültesi, Fizik Tedavi ve Rehabilitasyon Yüksekokulu ile Beden Eğitimi ve Spor Yüksekokulu öğretim üyeleri tarafından sürdürülen / sürdürülecek lisansüstü eğitim öğretimi düzenlemek, bilimsel ve teknolojik gelişmeleri izleyerek, lisansüstü çalışma ve projelere yön vermek, öğrencilerini güncel konularda ileri araştırmalara yöneltmek ve sağlık sektörünün karşılaştığı problemlerini çözmeye yönelik lisansüstü çalışmaların yapılmasını sağlamaktır. Böylece Enstitümüz, sağlık alanında problemleri çözebilen insan kaynakları yetiştirilmesine yerel ve ulusal düzeyde katkı sağlayarak büyümesine devam edilmektedir.