Sağlık Bilimleri Enstitüsü,  Yükseköğretim Kurumları Teşkilatı Kanununda ve Yükseköğretim Kurumları Öğretim Elemanlarının Kadroları Hakkında Kanun Hükmünde Kararname ile Genel Kadro ve Usulü Hakkında Kanun Hükmünde Kararnameye Ekli Cetvellerde Değişiklik Yapılmasına Dair 5662 Sayılı Kanunun 29/5/2007 tarihinde 26536 sayılı Resmî Gazete’de yayınlanması ile kurulmuştur. Lisansüstü Eğitim-Öğretim Enstitülerinin Teşkilat ve İşleyiş Yönetmeliği, Ahi Evran Üniversitesi Lisansüstü Eğitim-Öğretim ve Sınav Yönetmeliği ve Yüksek Öğretim Kurulunun Lisansüstü Eğitim-Öğretim Programı Açılması ve Yürütülmesine Dair Belirlediği İlkeler çerçevesinde sağlık bilimi alanında lisansüstü eğitim ve öğretimlerini düzenlemek, yürütmek ve denetlemek amacıyla 2013 yılında faaliyetlerine başlamıştır.  
Şubat 2017 itibari ile Fizyoterapi ve Rehabilitasyon ile Moleküler Tıp Anabilim Dallarında yüksek lisans programlarına ve Eylül 2017 itibari ile de Fizyoterapi ve Rehabilitasyon Doktora Programına öğrenci alımına başlamış bulunmaktadır.
Enstitümüzün kuruluş gayesi, Üniversitemizin Tıp Fakültesi, Sağlık Yüksekokulu, Fizik Tedavi ve Rehabilitasyon Yüksekokulu ile Beden Eğitimi ve Spor Yüksekokulu öğretim üyeleri tarafından sürdürülen/sürdürülecek lisansüstü eğitim öğretimi düzenlemek, bilimsel ve teknolojik gelişmeleri izleyerek, lisansüstü çalışma ve projelere yön vermek, öğrencilerini güncel konularda ileri araştırmalara yöneltmek ve sağlık sektörünün karşılaştığı problemlerini çözmeye yönelik lisansüstü çalışmaların yapılmasını sağlamaktır. Böylece Enstitümüz, sağlık alanında problemleri çözebilen insan kaynakları yetiştirilmesine yerel ve ulusal düzeyde katkı sağlamaktadır.